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Hellboy debutó en 1993 en San Diego Comic-Con Comics # 2 (Dark Horse Comics). Escrito y dibujado por Mike Mignola creador, las historias tienen un sabor de aventura sobrenatural con un oscuro humor característico de Mignola. Las historias de Mignola están muy influenciados por, y se han dedicado a, HP Lovecraft, Jack Kirby, Edgar Allan Poe, y otros autores. Historias de terror de la variedad Weird Tales son otra influencia importante. El escritor Robert Bloch alabó Hellboy como uno de los más "innovadores y entretenidos cómics de los últimos años'. Las historias de Hellboy se han basado en el folclore de países como Rusia, Irlanda, Noruega, Japón y Malasia. Más tarde algunas historias han sido elaboradas por creadores distintos de Mignola, incluidos Christopher Golden, Guy Davis, Ryan Sook, y Duncan Fegredo. Golden también ha escrito varias novelas sobre el personaje.

La historia de Hellboy es una amalgama de mitos y folklore, desde la mitología nórdica hasta la griega o rusa incluyendo además muchas referencias a la mitología de Lovecraft.

Hellboy es el hijo de una bruja descendiente del rey Arturo que se arrepintió de sus pactos con uno de los señores del infierno en el lecho de su muerte, pero el gran señor reclamó su alma y se la llevó al infierno, allí tuvo lugar su unión y Hellboy nació como un demonio cualquiera; sin embargo, al poco tiempo de nacer, su padre le cortó el brazo derecho y le puso el conocido brazo de piedra, llave del apocalipsis.

Paralelo a ello suceden los experimentos nazis a manos de Rasputín, a fin de conseguir un supremo poder que dé la victoria a Hitler, sin embargo no conocen con exactitud las consecuencias del experimento, es entonces que Hellboy nace en este mundo de una bola de fuego. En ese experimento, llamado "Ragnarök", el apocalipsis de la mitología nórdica, los nazis tenían puestas todas las esperanzas para conseguir un arma definitiva de carácter sobrenatural, que les garantizara la victoria del Tercer Reich. Los nazis no consiguieron su cometido, pues esa arma definitiva resultó ser un pequeño demonio que cayó en poder de soldados norteamericanos.

Hellboy fue criado por los norteamericanos en bases del ejército donde recibió educación y entrenamiento. Recibió el título de ser humano gracias a las Naciones Unidas, e ingresó posteriormente en la Unidad de Defensa e Investigación Paranormal (en inglés B.P.R.D.), en la que trabajó con Abraham Sapien y la piroquinética Elizabeth "liz" Sherman.

El mundo de Hellboy da un giro después de toparse con su padrino en la serie 'Hellboy: La semilla de Destrucción'. Hellboy conoce su función en la tierra, a Rasputín y al Jahad, "los siete que son uno, los siete dioses del caos", un ser de tentáculos, el caos personificado en un ser primitivo sepultado en capullos de cristal en una dimensión perdida, deseoso de destruir el universo y hacerlo suyo una vez más.

Rasputín casi logra romper la prisión del Dragón usando el poder de Liz Sherman, pero, finalmente, Hellboy destroza a Rasputín. Confuso y aturdido, empieza a darse cuenta de su origen y su terrible deber, ser la bestia del apocalipsis y que su mano es, en realidad, la llave del destino. Un puño de piedra.

Hellboy se topará con vampiros napoleónicos como Giurescu, hijo de la diosa Hécate, reina de las brujas, que se enamora al instante de Hellboy. Éste la acaba destrozando, pero resucita en una dama de hierro de gran antigüedad.

Con cada aventura Hellboy irá conociendo más secretos de su destino, de su familia diabólica, y amigos como Roger el homúnculo, que se une a la Agencia para formar equipo con Abe Sapien y Liz Sherman. Por ahora Hellboy está recorriendo el globo por una crisis existencial para conocerse a sí mismo.