Bueno es mencionar algun villano del anime que consideremos que a pesar de su maldad, no queriamos que muriera o desapareciera.
Que nos causo dolor su historia.

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Comienzo
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Madara Uchiha
Naruto Shippuden

Considero que tuvo una vida dificil, ademas que su amistad con Hashirama fue muy complicada pero lo apreciaba como a un hermano, pero sus diferencia y la muerte de su hermano, detonaron su crueldad u.u